南靖客家土楼保护工作仍在持续进行。土楼既是世界文化遗产又是居民的财产，土楼的保护管理工作同千家万户和许多部门密不可分， 那么这个过程中势必会引发 一些问题，影响到南靖客家土楼的保护工作。
（一） 重开发、轻保护
客家土楼旅游开发带来的利益，使得对土楼开发的范围不断扩大。但是，对土楼资源与环境保护意识不强，采取的措施力度不够，在旅游开发中忽视对土楼及其周围环境的保护，土楼及其所在村落环境遭到不同程度的破坏。看重眼前的利益，而没有保护好土楼，却放弃了长远的利益。土楼在进行开发的过程中，主要开发作为世界遗产的土楼和一些有商业利用价值的土楼群，只针对于这些土楼的保护。还有很多有价值的土楼分散在村落里逐渐被废弃。 许多商店杂乱的开在土楼周围，挂起各种标牌，广告纸随意粘贴，严重破坏土楼的整体环境。 土楼在这种缺乏有效管理的环境中，自然损坏、人为破坏，直接影响到南靖客家土楼的保护工作。研究人才的缺乏，专注研究土楼的人才少，对南靖客家土楼的研究大多停留在 推介与展示的层面，深入挖掘南靖客家土楼文化内涵的研究不多。在开发利用土楼的过程中，存在部分开发商为了吸引游客随意把土楼的建造时间提前，争抢客家名人祖籍地，只注重土楼的外形，对土楼的文化内涵缺乏深度挖掘。影响到南靖客家土楼的开发质量。
（二） 居民保护土楼的意识不强
土楼居民对于土楼及其所在村落的环境保护保护意识不强，不积极参与保护工作。居民在土楼开发的过程中，没有参与全过程，土楼居民只参与最终的部分利益分配。也因此存在旅游收益分配不合理的现象，影响到居民保护土楼的积极性，这样一来居民保护土楼的意识便会减弱。土楼及其周围的环境和旅游设施也就得不到土楼的墙体出现裂缝，加上木结构受雨水和白蚁的侵蚀，容易腐烂，土楼随时都面临着倒塌的危险。火灾隐患：土木结构建筑本身就要严防火灾，土楼建造的时间长，内部电路老化，高功率的电器走进土楼，一旦负荷过大，极易发生火灾。土楼里也没配备消防设备，存在很大的安全隐患。居民防火意识淡薄，认为发生火灾的概率很小，受传统生活方式的影响，许多不安全行为习以为常。而且防范能力有限，土楼里的防火 安全得不到保障。
（三） 土楼保护存在的误区
对于如何正确保护南靖客家土楼，采取怎样的方式保护土楼，存在一些误区。在保护土楼的过程中出现这样的现象：对少部分土楼的保护像保护寺庙那样，将土楼封存起来，楼内的居民全部迁出，土楼里只有少数的管理人员。研究福建土楼的专家黄汉民先生称这样的保护方式为“冻结式保护”。他指出，“尽管土楼属于生态 型的生土建筑，但楼内条件绝非十全十美，比如内院养牲畜极不卫生、楼内不设厕所，这影响了现代居民的正常生活。土楼既然是活的，就应该允许进行一定程度的改造。由于保护意识不够，曾有居民在改造中将原有建筑改造得面目全非，文物保护部门因此便采取了一刀切的做法”。在土楼保护的过程中没有正确处理好土楼的保护和利用之间的关系，导致土楼的保护方式存在误区。
（四） 土楼周围的环境问题
南靖客家土楼所处的地貌大多数是山地丘陵，目前周边的自然环境整体情况保持得较好，但部分山体仍有植被砍伐、开山取石的现象，土楼所依赖的自然环境受到破坏，直接影响到土楼整体环境的质量。部分土楼里，居民根据自己的需求随意改造土楼的内部结构，加建新的建筑物。在土楼周围盖起的新楼，形式不一，结构粗糙，与土楼相互交错。严重破坏了土楼民居整体的美观，传统的土木结构建筑与新建的砖石结构建筑之间显得不协调。 也影响到土楼的保护工作，给土楼的开发利用工作造成干扰。还有，土楼内污水随意倾倒， 垃圾没有合理收集，还有饲养家禽 的现象，土楼内部环境质量有限。土楼外杂乱地摆放着许多木板、石块，垃圾乱弃，土楼外部设露天茅坑，造成空气污染，水源污染。还有生活垃圾、工业垃圾直接排放到溪流中，土楼周边的溪流遭到严重污染。土楼周围的环境受到不同程度的破坏，直接影响到土楼的整体形象。
通过实地考察及个案访谈，我们对南靖客家土楼的现状有了基本了解，从整体上看南靖客家土楼的保护现状还算良好，南靖客家土楼成功申遗，给土楼里里外外的居民带来了商机的同时也带来了许多考验。许多宝贵的土楼在居民和政府的维护下得到一定的保护和有效地管理。但是出现问题不能在第一时间内得到及时有效地解决，可见对南靖客家土楼的保护意识有待进一步提高。土楼里的居民已经意识到土楼宝贵的价值，但也存在侥幸心理，认为即使过了成千上百年土楼也不会倒。所以我们要意识到南靖客家土楼存在的问题，采取实际行动解决这些问题，保护好永定客家土楼，守护好这份宝贵的财富。
